SARS-Cov-2 ScreenING Und MutationsCharakterisierung

20 Mutationen unmittelbar aus positiven Amplicons

Sensitive und robuste Identifikation des SARS-Cov-2 ist für das Hochdurchsatz-Screening ausschlaggebend. Dabei sind Mutationen des Viruses von immer größerer Bedeutung, da solche Mutationen die Eigenschaften von SARS-Cov-2 verändern können.

 

Vor allem Mutationen in der "Receptor Binding Domain (RBD) des S-Gens sind besonders relevant, weil Änderungen in diesem Bereich die Effektivität der zugelassenen Impfstoffe beeinflussen können. 

 

Eine schnelle und umfassende Untersuchung der Mutationen ermöglicht eine rasche und effektive Rückverfolgung neuer Virusvarianten und die Begrenzung deren lokaler Ausbreitung.


Der multiplexe RT-PCR CuPCR SARS-Cov-2 Mutations xB Testkit ist ein Invitro-Diagnostikum das auf der Reversen Transkription (RT) zur Umschreibung der viralen RNA und einer anschließenden Polymerasen-Kettenreaktion (PCR) der Zielsequenzen des S-Gens von SARS-Cov-2 basiert. Zum Auslesen einer erfolgreichen Amplifikation wird auf die Taqman-Technologie zurückgegriffen und so neben 2 unterschiedlichen Sequenzen des S-Gens auch eine Humankontrolle nachgewiesen, indem 3 unterschiedliche Fluoreszenzfarbstoffe verwendet werden. Gleichzeitig werden die beiden Abschnitte des S-Gens während der Amplifikation mit einem weiteren Fluoreszenzfarbstoff markiert, der für das spätere Auslesen der Mutationen durch das compact sequencing relevant ist. 

Positive Amplifikate werden unmittelbar nach der RT-PCR mit Hilfe der hybcell SARS-Cov-2 Mutations xB und des von Cube Dx entwickelten compact sequencing  gleichzeitig auf 20 SNPs (Single Nucleotide Polymorphisms) untersucht. In nur 15 Minuten ist damit ein ganzes Mutationsmuster zur Verfügung, das von der Software des hyborgs (Cube Dx Instrument) automatisch der aus diesem Muster resultierenden Variante zugeordnet wird (z.B. Delta, Britische Variante, Südafrikanische Variante, etc.).

Die Kombination aus einem breiten Screening und der unmittelbaren Auflösung der Varianten erlaubt eine bis dato nicht dagewesene Reaktionsgeschwindigkeit auf das Auftreten neuer Varianten in einer Region und stellt eine gute Basis für weitere Sequenzierungen dar. Die einfache Handhabung, das breite Mutationspanel sowie die automatische Auswertung reduzieren die für die Mutationsanalytik notwendigen Personalressourcen überdies erheblich.  


Screening von 2 Sequenzen (des S-Gens) und Humankontrolle

Minimale "hands-on" durch unmittelbare Verwendung der positiven Amplicons, schnelles Resultat und einfache Analyse

Analyse von 20 vollständigen SNPs (AGCT)

Automatisierte Auswertung der Mutationen und bekannter Varianten durch die Software