compact sequencing: ViRALES Screening + MutationsDIAGNOSTIK

Cube Dx' hybcell ist das weltweit erste zylindrische Microarray, bei dem DNA-Oligos auf einer beschichteten Zylinderoberfläche immobilisiert werden. Komplementäre DNA-Fragmente in der Probe hybridisieren mit diesen DNA-Oligos. Ein Fluoreszenmarker macht diese Bindung sichtbar.

 

Die hybcell - und damit das Microarray selbst - wird während der Hybridiserung ständig um die vertikale Mittelachse gedreht und so durch die Probe bewegt. So wird die Probe bewegt und homogenisiert, was in verbesserter Reproduzierbarket, einer drastischen Reduktion der Hybridisierungszeit und flexiblen Testformaten (z.B. aufeinanderfolgende Scans und Heiz- und Kühlschritte) resultiert. 

 

Die damit erreichte Robustheit und Reproduzierbarkeit ermöglicht innovative Testformate für die klinische Diagnostik.

 

Beim  compact sequencing wird dabei ein Multiplex-Screening auf virale Erreger respiratorischer Infektionen - darunter SARS-Cov-2 - mit dem Mutationsscreening positiver Proben kombiniert. 

 

Beim Screening wird mit Hilfe der RT-PCR erst RNA in der Probe in DNA umgeschrieben und amplifiziert. Mit Taqman-Sonden wird das Ergebnis der Amplifikation ausgelesen. 

 

Positive SARS-Cov-2 Proben werden in einem zweiten Schritt weiter auf Mutationen untersucht. Das Amplifikat wird dazu in die hybcell gegeben, wo die Reaktion mit einer Hybridisierung der DNA-Fragmenten aus der Probe an DNA-Oligos auf der hybcell-Oberfläche beginnt. Es folgt eine enzymatische Reaktion an genau den Spots, mit perfekter Übereinstimmung zwischen DNA-Fragment und DNA-Probe (Solid Phase Primer Extension). Das spezifische Signal wird durch stringentes Waschen am Ende des Prozesses erzeugt. Zielsetzung von compact sequencing ist die Unterscheidung der Ziel-DNA bis zur letzten (einzelnen) Base. 

Die Unterscheidung auf nur eine Base wird zur Mutationsanalyse verwendet - durch die Breite des Array-Ansatzes werden derzeit 4 x 20 Punktmutationen abgefragt und von der Software des Gerätes als Varianten interpretiert. 

Mehr zum Screening von Influenza A, Influenza B und RSV.

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