hybcell technology + compact sequencing

hybcell ist das weltweit erste zylindrische Microarray, bei dem DNA-Oligos auf einer beschichteten Zylinderoberfläche immobilisiert werden. Komplementäre DNA-Fragmente in der Probe hybridisieren mit diesen DNA-Oligos. Ein Fluoreszenmarker macht diese Bindung sichtbar.


Die hybcell - und damit das Microarray selbst - wird während der Hybridiserung ständig um die vertikale Mittelachse gedreht und so durch die Probe bewegt. So wird die Probe bewegt und homogenisiert, was in verbesserter Reproduzierbarket, einer drastischen Reduktion der Hybridisierungszeit und flexiblen Testformaten (z.B. aufeinanderfolgende Scans und Heiz- und Kühlschritte) resultiert. 


Der Prozess des compact sequencing beginnt mit einer Hybridisierung von DNA-Fragmenten aus der Probe an DNA-Oligos auf der hybcell-Oberfläche. Es folgt eine enzymatische Reaktion an genau den Spots, mit perfekter Übereinstimmung zwischen DNA-Fragment und DNA-Probe (Solid Phase Primer Extension). Das spezifische Signal wird durch stringentes Waschen am Ende des Prozesses erzeugt. Zielsetzung von compact sequencing ist die Unterscheidung der Ziel-DNA bis zur letzten (einzelnen) Base.

compact sequencing ist ein zweistufiger Prozess, der mit einer einfachen Single-Plex-PCR (z.B. 16S) startet. In diesem ersten Schritt wird einsträngige Ziel-DNA erzeugt die mit einem Fluoreszenzmarker versehen ist. Der zweite Schritt - das Sequenzieren im engeren Sinn - läuft im hyborg ab.

 

 

Der gesamte Prozess dauert weniger als zwei Stunden. Für die eigentliche Sequenzierung wird eine patentierte Heizvorrichtung zum schnellen Temperaturwechsel verwendet. Die Sequenzinformation wird aus dem Signalmuster automatisch abgeleitet.